2017年，盱眙县共有卫生机构335个，其中医院11个、卫生院20个、疾病预防控制中心1个、妇幼保健所1个。全县卫生机构拥有床位数3370张，共有专业技术人员3380人，其中，执业医师1454人。全年产妇住院分娩比例100%，5岁以下儿童死亡率2.64‰，其中，婴儿死亡率1.81‰。